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Il primo è un valore scalare; il secondo è una slice [porzione, NdT] di un array, che lo rende una lista con un solo valore (uno scalare). Si dovrebbe usare $ quando si vuole un valore scalare (quasi sempre) e @ quando si vuole una lista contentente un solo valore scalare (molto, molto di rado; in pratica, quasi mai).

Talvolta non fa alcuna differenza, ma talvolta la fa. Per esempio, confrontate:

    $giusto[0] = `un programma che restituisce in output varie linee`;

con

    @sbagliato[0]  = `stesso programma che restituisce in output varie linee`;

La direttiva use warnings ed il flag -w vi metteranno in guardia riguardo a queste faccende.

vedi in inglese