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Beh, se si tratta veramente di un pattern, allora usate semplicemente:

    chomp($pattern = <STDIN>);
    if ($linea =~ /$pattern/) { }

Alternativamente, poiché non è garantito che quella che l'utente ha inserito sia un'espressione regolare valida, catturate l'eccezione in questo modo:

    if (eval { $linea =~ /$pattern/ }) { }

Se quello che volete fare in realtà si riduce alla ricerca di una stringa, e non di un pattern, allora dovreste usare la funzione index(), che è fatta per la ricerca di stringhe, oppure, se non potete fare a meno di usare un pattern dove non serve, assicuratevi di usare \Q...\E, documentato in perlre.

    $pattern = <STDIN>;
    open (FILE, $input) or die "Non posso aprire il file $input: $!";
    while (<FILE>) {
        print if /\Q$pattern\E/;
    }
    close FILE;

vedi in inglese